Serão ofertadas até 14 vagas a pessoas com graduação em curso de áreas do conhecimento relacionadas com o programa. O mestrado tem área de concentração em Agroecossistemas Amazônicos e duas linhas de pesquisa: Diversidade Biológica e Agroecossistemas Amazônicos.
As inscrições para o processo seletivo devem ser efetuadas na secretaria do curso ou por Sedex, ao campus de Alta Floresta (Departamento de Agronomia): Av. Perimetral Rogério Silva, s/n-Jardim Flamboyant, Caixa Postal 324, CEP 78.580-000, Alta Floresta/MT.
A seleção inclui análise da proposta de trabalho de pesquisa, analise de currículo entrevista.